Данное направление программы посвящено исследованию биологического разнообразия животных в различных аспектах.

Исследуется таксономическое (в основном видовое) разнообразие в 9 типах, не менее 14 классах и не менее 30 отрядах многоклеточных животных. Исследование проводится на двух уровнях разнообразия – глобальном (анализ макротаксонов рангом от семейства до типа на уровне мировой фауны) и локальном (анализ таксонов рангом от подвида до рода в составе региональных фаун и локальных природных сообществ). Для получения исходных данных используются новейшие методы микротомографии, лазерной конфокальной, трансмиссионной и электронной микроскопии, 3D сканирования, фиксации и анализа биоакустических сигналов. Для молекулярно-генетических характеристик исследуются фрагменты митохондриального и ядерного геномов на основе стандартных методов экстрагирования генетического материала, секвенирования и выравнивания молекулярных последовательностей. Для выявления и интерпретации структуры таксономического разнообразия используются современные численные методы многомерной биометрии, кластеризации, кладистического и молекулярно-филогенетического анализа.

Биоразнообразие исследуется также на региональном и локальном уровнях. Рассматривается хорологическая структура биоразнообразия на основе дистанционной съемки сканирующей системой MODIS и анализа данных средствами ГИС с использованием математических методов, включая математико-картографическое моделирование. Исследования локальных фаун и сообществ проводятся главным образом на основе экспедиционных работ в российском секторе Арктики и Субарктики, охватывают наземные и морские биоты российского Дальнего Востока, Средней, Центральной, Передней Азии и Юго-Восточной Азии, Индо-Вест-Пацифики.

 Будут разработаны рекомендации по структуре, объёму и формам представления, хранения и использования разных категорий данных и информации о них. Проведение таксономических и фаунистических исследований будет включать комплексный сбор и консервацию разных категорий исходных данных (морфологических, макро- и микроанатомических, гистологических, цитологических, молекулярно-генетических, биоакустических, этологических, экологических) и сопровождающей их информации (включая создание электронных баз данных открытого доступа), с усовершенствованием методической основы их препарирования, хранения и использования в научных и биомедицинских целях.

Отдельная часть работ будет посвящена редким и малоизученным животным, исследование которых в перспективе приведет к развитию новых медицинских технологий (в частности, замедления старения и борьбы с раком).